有机肥发酵过程分为三个阶段：低温期、高温期、降温期（保温阶段）。

   低温期，温度在20℃--35℃左右。此时，中温性微生物繁殖旺盛，开始对有机肥原料进行分解。分解过程中产生的热量不断使有机肥发酵原料堆温度升高，使发酵过程进入下一个阶段。

   高温期，温度在40℃~70℃左右。此时，微生物菌群大量繁殖，对有机肥原料的分解和发酵的速度大大加快。在这个阶段中，原料中的虫卵病菌，逐渐被杀死。随着热量累积，当温度超过70℃后，低温微生物菌会死掉，高温菌活性也会降低，发酵速度会减慢。通常会对有机肥发酵原料进行翻堆处理，防止温度过高导致的发酵速度减慢。

   降温期（保温阶段），随着发酵过程的结束。发酵堆温度逐步降低下来直到与略高于室温。然后封堆保存。